Nová metoda hledání počátků života

Evoluční historie organismů se dá sledovat porovnáváním sekvencí jejich nukleových kyselin nebo proteinů. Organismy, které jsou si blízce příbuzné a mají společné předky, budou mít mezi sekvencemi více podobností než nepříbuzné. Tým z Pensylvánie se zaměřil na takzvané retroelementy - krátké sekvence nukleové kyseliny, které obsahují gen pro enzym reverzní transkriptáza. Produkty retroelementů jsou starobylou a zároveň vysoce diverzifikovanou skupinou proteinů, takže se ideálně hodily k vyzkoušení nové metody.

V článku, který vyjde v časopise Proceedings of the National Academy of Sciences, vědci popisují, jak sledovali příbuznost u jedenácti skupin retroelementů, pocházejících od různých organismů včetně bakterií a viru HIV. Vytvořili počítačový algoritmus, který podobnost sekvencí porovnával metodou "všichni proti všem". Na základě výsledků pak sestavil fylogenetický strom, který svědčí o příbuznosti a evoluční vzdálenosti mezi jednotlivými retroelementy. Tento postup údajně generuje "čistší" výsledky než dosavadní metody určování příbuznosti sekvencí.

Podle autorů studie mohou výsledky objasnit mnohé otázky, které panují kolem evoluce retroelementů. Metoda má prý také potenciál k tomu, aby evoluci proteinů vystopovala až k prvním buňkám a virům, jaké na Zemi vznikly, a objasnila tak jejich vzájemné vztahy.