Během vyjednávání ČR o vstupu do EU byly dohodnuty zhruba dvě desítky přechodných období a trvalých derogací. Dne 13. prosince 2002 uzavřela ČR v Kodani jednání o přistoupení k EU. ČR podala žádost o členství v EU v roce 1996. V prosinci 1997 rozhodla Evropská rada v Lucemburku o zahájení jednání o přistoupení s šesti kandidátskými zeměmi, včetně ČR. Mezivládní konference o přistoupení ČR k EU pak byla zahájena na úrovni ministrů v březnu 1998. První technická část jednání proběhla ve formě tzv. screeningu, kdy byla porovnána veškerá legislativa ES/EU, která byla pro potřeby jednání rozčleněna do 31 kapitol, s českým právním řádem a byly přijaty závazky k dosažení plné kompatibility práva ČR s "acquis". Následně ke každé kapitole ČR vždy nejprve předložila poziční dokument, na který EU reagovala svou společnou pozicí.
Pro obhajobu pozic ČR byl vládou schválen tzv. mandát pro vyjednávání. Tento dokument, který byl následně několikrát vládou aktualizován, stanovil mantinely, ve kterých se česká delegace pro jednání o dohodě o přistoupení ČR k EU pohybovala. V případech, kdy projednávané otázky překračovaly stanovený mandát a nebo byly politicky citlivé, byl vládě předložen ke schválení speciální materiál zabývající se příslušnou problematikou. Všechny úpravy mandátu se týkaly pouze jeho zpřesnění.
ČR celkově vyjednala zhruba dvě desítky přechodných období a trvalých derogací (viz Příloha č. 2). Rovněž EU ve vztahu k ČR (a ostatním kandidátským zemím s výjimkou ostrovních) vyjednala přechodná období a sice v kapitole Volný pohyb osob pro pohyb pracovních sil a v kapitole Doprava pro kabotáž. V obou případech však pozice EU umožňuje ČR vést bilaterální jednání s jednotlivými členskými zeměmi o plné aplikaci "acquis" od data vstupu do EU. V případě pohybu pracovníků již ČR dosáhla s pěti členskými státy EU příslib plné liberalizace (Velká Británie, Nizozemsko, Irsko, Švédsko a Dánsko). U zemí, které budou aplikovat přechodné období, bude pokračovat systém množstevních kvót na pracovní povolení, tj. pracovní trh nebude uzavřen. Daná přechodná období proto nesnižují kvalitu plnohodnotného členství ČR v EU, které bude zajištěno např. rovnocenným zastoupením ČR v orgánech EU (zastoupení v Radě ministrů, Evropském parlamentu, komisař atd.).
