Jak vypadá chrám v Hejnicích dnes
Dnešní chrám je barokní stavba s půdorysem latinského kříže, s hlavní lodí směrovanou severojižně kolmo na původní gotický chrám orientovaný západovýchodně. Vstupní průčelí barokního kostela je dvouvěžové se středním konvexně vypnutým rizalitem. Nad středním segmentovým štítem dosedá volutový štít s nikou s pískovcovou sochou hejnické madony s Ježíškem, kolorovanou podle originálu. Věžní nástavby jsou členěny pilastry a vrcholí cibulovými věžemi. Chrám je k jihu obrácený kříž dlouhý 50 m, široký 37 m a kopule je 35 m vysoká. Jedná se o největší chrám na severu Čech.
Protože barokní chrám byl postaven kolmo na původní gotický kostel, staly se hlavní oltář a křestní kaple starého gotického kostelíka bočními kaplemi nového barokního kostela. V levé, k východu orientované boční kapli oddělené roku 1906 mříží s motivem vinného kmene je původní hlavní oltář gotického kostela vyzdobený gotickým křídlovým polním oltářem hraběte Valdštejna. Ve středu oltáře vidíme reliéf hejnické madony, po levé straně sv. Kateřina a po pravé sv. Markéta. V oltáři se ještě donedávna nacházely části pařezu zázračné lípy. Ve svorníku gotické klenby se nachází jelení paroh - erb Biebersteinů. V kapli po levé straně najdeme překrásný gotický tabernákl. Po pravé straně stojí křtitelnice se sousoším křtu Páně. Po levé straně kaple se nachází vchod do barokní sakristie s původním nábytkem. Nalevo se dostaneme ke vchodu do krypty, kterou pod kořeny lípy zbudoval František Ferdinand v roce 1696 pro rod Gallasů. Ta byla později rozšířena o kryptu pro rodinu Clam-Gallasů a františkánů. V kapli vpravo nahoře se nachází tzv. panská lóže, z níž až do roku 1725 sledovali mši svatou členové rodiny Gallasů.
Vpravo nahoře nad sakristií se nachází františkánský chór, kde byl původně umístěn pozitiv (malé varhany), který se nyní nachází uprostřed kruchty. Ve františkánském chóru jsou ještě původní lavice a barokní mariánský oltář. Vpravo ve františkánském chóru vidíme barokní cínové lavabo. Vlevo od oltáře můžeme nahlédnout do nekrologia františkánů zemřelých v klášteře. Vpravo od oltáře v chóru se dostaneme na kazatelnu. Z chóru lze projít spojovací chodbou do 1. patra bývalého františkánského kláštera, dnes Mezinárodního centra duchovní obnovy.
Centrální kopule je široká 15 m a vysoká 35 m. Je podpírána čtyřmi sloupy s korintskými hlavicemi, které mají symbolizovat čtyři ctnosti: temperantia - horlivost, iustitia - spravedlnost, prudentia - rozvaha, fortitudo - odvaha. Tyto čtyři kardinální ctnosti, které jsou pilířem duchovního a mravního života každého pokřtěného člověka, který má tyto ctnosti cvičit po celý život. Na stropě jsou překrásná secca z roku 1902-1906 od vídeňského profesora Andrease Grolla. Malby znázorňují hlavní události ze života Bohorodičky a Ježíše Krista. Převládají andělské postavy, které lidem přinášejí Boží poselství v celé historii i současnosti. Nad presbytářem je oslavována Kristova trnová koruna, v hlavní kopuli vidíme dva hlavní výjevy: Ukřižování Krista a Nanebevzetí Panny Marie. Pod křížem stojí Matka Boží a plačící Maří Magdaléna. Nalevo od kříže truchlí učedníci a prchají farizeové a zákoníci. Vlevo nad ukřižovaným pláčou andělé. Vpravo pod křížem stojí setník Longinus s popravčí skupinou, která losuje o Ježíšovo roucho. Nad Nanebevzetím Panny Marie žasne skupina Apoštolů. Mezi učedníky najdeme i samotného autora nástropních maleb (secc) sedícího na předních schodech kopule. Skupina andělů otvírá víko rakve. Další andělé nesou do nebe svatý kříž.
Na hlavní lodí se nacházejí dvě secca - Narození Páně a Zvěstování Panně Marii archandělem Gabrielem. Kolem těchto maleb sedí čtyři evangelisté se svými atributy: býkem, lvem, andělem a orlem. Dále lze spatřit Narození Krista v Betlémě a nad empórami jsou zobrazeni čtyři evangelisté: Matouš, Marek, Lukáš a Jan.
Hlavní oltář se skládá ze dvou částí. Na zdi presbytáře je po celé výšce freska iluzorního oltáře od jezuitského kněze Josefa Kramolína z Bohosudova z roku 1787. Po stranách oltáře vidíme alegorické postavy víry a naděje. Uprostřed oltáře je velký obraz, který napovídá, komu je kostel zasvěcen. Je tam znázorněna návštěva Panny Marie u sv. Alžběty v Ain Karin, obě ženy jsou v požehnaném stavu. Spodní dřevěná část hlavního oltáře je od sochařů J. Hájka z Mnichova Hradiště a I. Brennera z Liberce z roku 1787. Na velkém kamenném oltáři s ostatky svatých stojí svatostánek. Nad ním je skříňka s milostnou soškou madony a po stranách klečí archandělé hlídající archu Nové úmluvy - Nejsvětější svátost, jejíž přítomnost signalizují tři věčná světla. Madona je pokladem a cílem všech poutníků. Je to 39 cm vysoká a velmi zdařilá plastika z lipového dřeva. Dle odborníků pochází soška už z první poloviny 13. století. Usměvavá a milá madonka s Ježíškem v náručí je pro svůj spanilý vzhled zvána Matka spanilá - Mater Formosa.
Pod hlavní kopulí je instalován nynější hlavní obětní stůl. V kostele najdeme dále šest postranních oltářů s ostatky svatých a sochami převážně františkánských světců: sv. Antonína, sv. Františka, sv. Kláry a sv. Anežky České, dále sv. Josefa a sv. Jana Nepomuckého.
Napravo od hlavního oltáře najdeme ve vánočním období starý kreslený betlém s autentickými figurkami tehdejší doby zakomponovanými do krajiny Jizerského podhůří. Vidíme Paličník, Ořešník, Frýdlantské cimbuří, zámek a všechny kostelíky v okolí. Některé prameny uvádějí, že autorem je Josef Führich (1800-1876). Betlém vyhrál první cenu na výstavě jesliček v Liberci v roce 1932. Po přepadení kláštera v roce 1950 Státní bezpečností došlo k poškození betléma i většiny tehdejšího inventáře, který byl z části rozvezen po muzeích, zčásti rozkraden nebo zničen. Jen nepatrný zlomek byl navrácen.
Varhany byly několikrát přestavovány. Nynější dvoukřídlou skříň varhan zhotovili Franz Heier z Frýdlantu a Michael Kandler z Chrastavy. Dnešní nástroj je pneumatický s elektrickým pohonem od firmy Rieger z Krnova z roku 1929.
Na barokní kazatelně z roku 1740 sedí evangelisté, z ní vyčnívá františkánova ruka držící kříž s Kristem, jež má být připomínkou pomíjivosti života.
Uprostřed hlavní lodě visí křišťálový lustr široký 265 cm a vysoký 424 cm, který kostelu daroval místní rodák Josef Riedel, majitel velké sklářské hutě ve Vilémově (Malá Jizerka). Poprvé se rozzářil v roce 1853, v roce 1929 byl opraven a elektrifikován a dnes na něm svítí 54 žárovek.
